決済方法としてPaidy、PayPay、クレカがあると思うのですが、PayPayのみ、クレカのみなど、一部での決済設定は可能でしょうか？

決済方法は、クレジットカードが必須で、そのほかの決済手段を任意で追加する形です。つまり、クレジットカードのみで運用することはできますが、PayPayのみでクレジットカードを外す設定にはなりません。

なお、LINE Payはサービス終了予定があるため、現在の運用では最新の対応状況もあわせて確認しておく必要があります。迷いやすい設定は、事前にテスト注文や管理画面の確認をしておくと運用開始後の混乱を防ぎやすくなります。