売上はシステム利用料・決済手数料が引かれた分が振り込まれる認識であっておりますでしょうか？

売上入金は、決済手数料が差し引かれた金額が決済加盟店から直接ショップの銀行口座へ振り込まれる形です。Lineup利用料と決済手数料が同じ経路でまとめて差し引かれるわけではありません。

入金額を確認するときは、決済代行会社からの振込額とLineupの利用料請求を分けて見ると把握しやすくなります。設定箇所が複数ある場合は、実際の購入画面や管理画面を見ながら確認すると理解しやすくなります。

ショップの運営方法によって最適な設定が変わるため、必要に応じて初期設定の段階で見直しておくとスムーズです。